Bereits Anfang des 20. Jahrhunderts entstanden erste Ideen zur Einrichtung eines Museums in Eckernförde. Dies glückte jedoch erst 1975: Im März gründete sich der Museumsverein Eckernförde e.V. und bereits Ende Mai 1975 wurde das „Heimatmuseum“ in einigen Klassenräumen der Willers-Jessen-Schule eröffnet. Im Oktober 1987 zog es in das zum Museum umgebaute Alte Rathaus im Herzen der Stadt. Das zunächst ehrenamtlich geleitete Museum richtete sich in den folgenden Jahren unter professioneller Leitung zu einem Museum für Stadt- und Kulturgeschichte aus. In einer Kooperation von Stadt und Museumsverein wird der Museumsbetrieb heute von haupt- und ehrenamtlichen Kräften getragen.
Nach einer Renovierung der zentralen Abteilung zur Fischerei und Fischräucherei wurde das Museum Mitte Juni 2025 wieder eröffnet. Seither wird das Jubiläum mit zahlreichen Führungen, Vorträgen und Aktionen für alle Altersgruppen bis hin zu einem großen Museumsfest am 18. Oktober gefeiert.
